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Der Bestand an Pflanzen und Pflanzenteilen, der sich im Museum Waldenburg befindet, ist von großem wissenschafts- und kulturhistorischem Wert. Die Belege gehören zu den ältesten, die im Freistaat Sachsen aufbewahrt werden und dokumentieren eindrucksvoll, nach welchen Gesichtspunkten man in früherer Zeit Pflanzensammlungen anlegte bzw. gestaltete. Außerdem legen sie Zeugnis ab über die in der Vergangenheit angewendeten Präparationstechniken. Die botanischen Sammlungen des Museums umfassen vier Herbarien, eine Sammlung im wesentlichen aus Samen, Früchten, Wurzeln und Harzen bestehend sowie eine Kollektion von Holztafeln.
Die Herbarien
Sind Pflanzen in getrockneter und gepreßter Form auf Papier befestigt, spricht man von einem Herbarium (abgeleitet von dem lateinischen Wort herba = Pflanze). Diesen Name trugen ursprünglich nicht nur Herbarien, sondern auch Kräuterbücher mit Zeichnungen von Pflanzen. Deshalb werden in älteren Sammlungen Herbarien als "Herbarium vivum" benannt, was soviel heißt wie Sammlung lebender Pflanzen. Die ältesten, noch heute erhaltenen Herbarien stammen von italienischen Botanikern aus der Zeit der Renaissance.
Die Linckschen Herbarien
Pflanzenbelege aus dem 'Herbarium vivium'... Das Kernstück der Linckschen Pflanzensammlung ist ein 500 Bogen umfassendes Herbarium, das in fünf sorgfältig angefertigten Holzkästen untergebracht ist. Diese befinden sich heute im Linck-Zimmer. Die lederbezogenen Kästen sind über ein kleines Metallschloß zu öffnen und tragen an der Stirnseite die goldene Schrift "Herbarii vivi". Im Inneren findet sich auf mit bunten Ornamenten bedrucktem Papier das Wappen der Familie Linck. In Form und Verarbeitung entsprechen die Kästen den kunstvoll gearbeiteten Anfertigungen, die für das 17. und 18. Jahrhundert typisch sind. Sie enthalten je 100 getrocknete und alphabetisch geordnete Pflanzen, die mit Leim auf hellem, im Großfolio-Format geschnittenem Papier befestigt wurden. Jeder Bogen liegt geschützt in blauen numerierten Faltmappen. Die ausnahmslos gut gepreßten Pflanzen stecken mit ihren Stielen in aufgeklebten, gedruckten Papiervasen und -töpfen. Diese sind z. T. schön verziert und variieren in Form und Farbe. Schlanke oder filigrane Pflanzen befinden sich in schmalen Vasen, robuste und weit verzweigte wurden in breite Vasen bzw. Töpfe gesteckt. Die Belege ähneln dadurch kleinen Blumensträußen und besitzen einen hohen ästhetischen Wert.
Die Verwendung von gedruckten Gefäßen zur Fixierung der Pflanzenstengel war bis ins 18. Jahrhundert eine übliche Herbartechnik. Auch beispielsweise in der Sammlung des berühmten schwedischen Botanikers Carl von Linné befinden sich in solcher Weise befestigte Pflanzen. Als Konsequenz dieser Methodik ergibt sich, daß den Pflanzen die basalen Teile einschließlich der Wurzeln fehlen. Sie sind dadurch nach heutigem taxonomischen Konzept nicht immer sicher bis zur Art bestimmbar. Lediglich einige sehr kleine Pflanzen wurden mit Wurzel herbarisiert, sie befinden sich dann aber nicht in Gefäßen. Die Pflanzen wurden fast ausnahmslos im blühenden Zustand gesammelt und besitzen z. T. noch heute leuchtende Farben.